制药工程专业主要课程包括仪器分析、中药资源学、天然药物化学、药物化学、药理学、药物分析、工业药剂学、制药工程原理与设备、制药工艺学、制药过程安全与环保、药品生产质量管理工程、药事法规。依托省部级重点实验室、中药生产实训中心及制药厂等校内外实践基地开展实践教学，全面培养学生实践创新能力。

本专业培养具有扎实的西药制药、中药制药、药物制剂技术与工程的基本理论、基本知识，熟悉国家关于医药生产、设计、研制与开发、经营管理和环境保护等方面的法律法规，能在医药等相关行业从事新产品和技术开发、工艺和工程设计、药品生产、经营、使用与管理等方面的高级应用型人才。